Ух... На все вопросы я, наверное, ответить не смогу. Программы все используют разные и у каждого свои предпочтения. Я рисую от руки сначала, потом пропускаю через сканнер и довожу рисунок в GIMP 2. А вообще, тут есть профессионалы, занимающиеся этим долгое время и очень успешно, и они лучше объяснят по поводу программ. Посмотрите - многие проблемы изготовления уже обсуждались на форуме. ))) Что касается масштаба, то комманданте Луник, например, тоже делает своих воинов высотой 32 мм. Нормально смотрятся "живьём".
Делать окантовку, или нет - личное дело мастера. Я не делаю. Другие - кто как. Вообще окантовка нужна только для большей прочности тонких деталей: копий, мечей, штыков.
Вырезать, наверное, удобнее всего маленькими ножницами. Идеально, на мой взгляд, подходят прямые из маникюрного набора. Я на коленях выпросил такие у лапоньки - горя не знаю уже много лет!
Вклеивать третий слой между двумя половинками солдатика смысла нет, наверное - если обклеить потом фигурку прозрачным скотчем, то она будет достаточно прочной.
Удачи в Ваших начинаниях!